Le réseau Natura 2000 a pour objectif de contribuer à préserver la diversité biologique sur le territoire de l’Union européenne. Il assurera le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des habitats d’espèces de la flore et de la faune sauvage d’intérêt communautaire. Il est composé de sites désignés spécialement par chacun des Etats membres en application des directives européennes dites " Oiseaux " et " Habitats " de 1979 et 1992.

La directive du 2 avril 1979 dite directive " oiseaux " prévoit notamment la protection des habitats nécessaires à la reproduction et à la survie d’espèces d’oiseaux considérées comme rares ou menacées à l’échelle de l’Europe. Dans chaque pays de l’Union européenne seront classés en Zone de Protection Spéciale (ZPS) les sites les plus adaptés à la conservation des habitats de ces espèces en tenant compte de leur nombre et de leur superficie.

La directive du 21 mai 1992 promeut quant à elle la conservation des habitats naturels de la faune et de la flore sauvage. Elle prévoit la création d’un réseau écologique européen de Zones Spéciales de Conservations (ZSC).

La création du réseau Natura 2000 contribuera en outre à la réalisation des objectifs de la convention sur la diversité biologique adoptée au " Sommet de la Terre " de Rio de Janeiro en juin 1992.

Sur le bassin versant du Tech trois secteurs sont concernés par le réseau Natura 2000 ce qui représente la totalité du linéaire du Tech de sa source à la mer (cf. carte Natura 2000 dans la rubrique de Téléchargement au format PDF). 

Le site "embouchure du Tech et grau de la Massane" d'une superficie de 956 ha présente une zone de sables marins de faible profondeur et des milieux dunaires riches en espèces végétales endémiques. Avec l'embouchure du Tech et les divagations passées de son cours, on trouve de nombreux types de formations végétales hygrophiles et des formations boisées de ripisylves.

A l'autre bout du bassin versant, le site "Conque de la Preste" culmine à 2 465 m et intègre au sein de ces 8 413 ha une partie de la Zone de Protection Spéciale de Py, Mantet et Prats de Mollo. Ce secteur qui concerne les sources du Tech est retenu pour l'habitat du Desman. Il est particulièrement important pour un ensemble de grottes naturelles avec de nombreuses espèces cavernicoles rares et endémiques et pour la présence de hêtraies calcicoles à Sabot de Vénus, espèce d'orchidée très rare dans les Pyrénées.

Faisant le lien entre les deux sites précédents, le site "le Tech", d'une superficie de 1 460 ha concerne l'ensemble du linéaire du Tech et de sa ripisylve. Il est retenu comme site Natura 2000 vis à vis de la directive "Habitats".