Les eaux superficielles présentent une très bonne qualité à l'amont de St Sauveur et sur les affluents(*). Le Tech est par contre affecté par des pollutions croissantes, à partir d'Amélie les Bains, puis à l'aval de Céret. Les pollutions sont d'origines diverses, le plus souvent domestiques, mais aussi liées aux activités humaines (caves vinicoles, industrie du liège et du papier, thermalisme…).

On constate malgré tout une amélioration de la qualité des eaux depuis 1994, avec le renforcement du réseau de stations d'épuration.

Par ailleurs, les traitements primaires et secondaires(*) ne diminuent pas la pollution bactérienne des effluents(*), ce qui se traduit par le dépassement systématique des valeurs impératives à l'aval de Prats de Mollo d'où une interdiction de baignade dans les eaux du Tech jusqu'à la mer. La faiblesse des débits d'étiage(*) et l'altération morphologique des lits concourent également à limiter la capacité d'auto-épuration(*) du cours d'eau. Il reste enfin à connaître plus finement les pollutions possibles liées aux rejets agricoles (désherbants - pesticides) et industriels. Sans être catastrophique, l'ensemble de ces pollutions demeure un problème qui pourra être traité dans un programme cohérent articulé avec la rectification des dysfonctionnements du milieu naturel.

Au niveau des nappes phréatiques(*), la qualité est généralement très bonne à l'amont, mais elle se dégrade à l'aval, à partir du niveau d'Elne en particulier, où on enregistre localement des teneurs en nitrates supérieures à 50 ppm. Cette pollution est liée à l'emploi, sans doute mal maîtrisé, des engrais. Des pollutions se retrouvent également dans les canaux d'irrigation. Elles sont encore sensibles dans les premières nappes profondes, avec des taux inférieurs à 40 ppm, ce qui laisse craindre une évolution plus dangereuse pour l'avenir. Toutefois des initiatives pour limiter les apports de nitrates dans l'eau donnent de très bons résultats à l'image de l'opération "Ferti 66 Bassin d'Elne" initiée par la Chambre d'Agriculture des Pyrénées-Orientales.

Un autre problème important est lié aux dépôts sauvages et aux décharges non autorisées (4 sur la vallées) , généralement situées en bordure de lit mineur et générant des risques élevés pour la ressource en eau :

– pollution du cours d'eau et de la nappe phréatique,
– évacuation des déchets dans la rivière, par rupture du merlon de protection, souvent très sous-dimensionné ou par érosion des terres de couverture par les crues.

Les décharges non autorisées, dont la liste est disponible sur le site du Ministère de l'Ecologie et du Développement Durable (http://www.developpement-durable.gouv.fr), sont concernées par une circulaire ministérielle du 23 février 2004 qui prévoit les modalités de fermeture, de réhabilitation ou de reconvertion vers un dépôt de déchets verts et/ou de terres et gravats inertes. De même cette circulaire renvoit à la circulaire du 27 juin 2003 pour la procédure de suppression des dépôts sauvages.