Dans la partie montagneuse, le boisement spontané tend à améliorer le fonctionnement écologique, avec cependant comme limite le fait qu'une couverture forestière complète conduirait à une perte de diversité des biotopes(*) et des habitats, et par conséquent à un appauvrissement floristique et faunistique sans parler de l'impact sur les paysages. Il est donc souhaitable de ce point de vue, que soit maintenue une activité agricole de type extensif dans ces espaces. Au niveau forestier, le Vallespir permet l'étagement classique des séries de végétation liées au passage progressif du climat méditerranéen au climat alpin (de la chênaie à la hêtraie et à la hêtraie sapinière) et à la géologie (chênes liège et châtaigniers des terrains cristallins(*), chênes verts et chênes blancs plus ubiquistes(*), auxquels se mélangent diverses espèces (frênes, érables, bouleaux, ...). Les rivières et leurs plaines alluviales(*) favorisent une diversité supplémentaire par leurs ripisylves(*) à saules, aulnes, peupliers blancs et peupliers noirs.       

La richesse écologique des espaces montagnards est attestée entre autre par la présence d'espèces protégées (papillons, chauve souris, desman, euprocte) et de zones réglementées : réserve naturelle de Prats de Mollo - la Preste (2185 hectares), ZNIEFF (zones naturelles d'intérêt écologique, floristique et faunistique) de type I, au nombre de 21, et de type II, au nombre de 7 et  ZICO (Zone d'intérêt pour la conservation des oiseaux) couvrant 6 communes du massif des Albères. La faune piscicole est également diversifiée et abondante, bien que les seuils en rivière, rarement aménagés en échelles à poissons, barrent le passage des espèces migratrices ; deux espèces le barbeau méridional et l'écrevisse à pattes blanches, sont concernées par la directive habitat.
 

 A l'aval de Céret, la flore et la faune liées à l'eau sont fortement affectées à la fois par la diminution des débits d'étiage(*), l'impact des pollutions et la morphologie du lit aplani par les aménagements. La dégradation est sensible au niveau de la faune piscicole et de la ripisylve cantonnée sur les berges abruptes, en position instable, et perchée par rapport à l'eau, ce qui entraine l'assèchement et la mort de nombreux arbres. La situation actuelle est très éloignée de celle que pourrait connaître ce milieu si l'effet de certains aménagements déstructurants était compensé.

On observe par ailleurs, sur les espaces ouverts des lits mineur et moyen(*) sans ripisyvle, la prolifération du buddleia, de la renouée du Japon, de la canne de Provence, de la balsamine ou encore de la jussie, espèces importées envahissantes(*), qui tendent à constituer des peuplements monospécifiques(*). Cet aspect sera à prendre en compte pour la conception des opérations de restauration à venir.

Seule échappe à ces multiples altérations du Tech aval, l'embouchure(*), dont la qualité écologique a conduit à l'instauration de la réserve naturelle du Mas Larrieu, sur 145 hectares.